مالیات پزشکان سال 98 دارای مسائل پیچیده ای بود. سازمان امور مالیاتی کشور بخشنامه های متعددی صادر نمود تا بلکه بتواند پرونده مالیاتی پزشکان را همانند مشاغل و شرکت ها برای همیشه ببندید و این صنف را سازماندهی کند.
مالیات پزشکان در سال 98 تغییراتی پیدا کرد. تا پیش از سال 98 دکتر ها موظف بودند تا 2 نوع مالیات پرداخت نمایند. این موارد شامل مالیات بر درآمد حقوق و مالیات بر درآمد مشاغل بود.
اما طبق بند ک تبصره ۶ قانون بودجه سال ۱۳۹۸ پزشکان مجبور به پرداخت مالیاتی از نوع سوم شدند.
بر این اساس مراکز درمانی مکلفند مالیات تکلیفی پزشک ها را کسر و به حساب سازمان امور مالیاتی واریز نمایند.